Naturdenkmale sind Flächen bis zu 5 ha Größe oder Einzelgebilde, z.B. Bäume, welche die Naturschutzbehörde durch eine Rechtsverordnung unter Schutz stellt. In Mannheim gibt es zwei flächenhafte Naturdenkmale. Das sind der „Stotzweiher" in Neckarau und die „Bell", ein Sanddünenrest in Feudenheim.

Daneben stehen 17 Bäume aufgrund ihrer Größe, ihres Alters oder ihrer Seltenheit unter Schutz. Sie sind über das ganze Stadtgebiet verteilt und können leicht an dem Naturdenkmalschild (Grünes oder schwarzes Dreieck mit Adler) erkannt werden.

Zusätzlich sind die 29 Maulbeerbäume im Naturschutzgebiet „Maulbeerinsel" als Naturdenkmale ausgewiesen.